O Instituto mantém relações com instituições estrangeiras e investigadores nacionais e estrangeiros que se dedicam à Guiné-Bissau para intercâmbio de informações.

Mantém contactos com várias instituições, como:

• Aliança Internacional para a Consolidação da Paz (Interpeace)
• Arquivo Histórico Nacional de Cabo Verde, Cabo Verde 
• Conselho para o Desenvolvimento da Pesquisa em Ciências Sociais em África (CODESRIA), Senegal 
• CEA do EHSS de França,
• CEA do ISCTE, Portugal,
• CEAA do Colégio do México,
• CEAMO, Cuba,
• CRA Paris I,
• CRDI do Canada,
• CWAS da Universidade de Birmingham de Inglaterra,
• DÜ de Alemanha,
• Embaixada da Alemanha,
• Embaixada dos Estados Unidos,
• Fundação Mário Soares, Portugal
• Institut fondamental d'Afrique noire (IFAN), Senegal
• Instituto de Investigação Científica e Tropical (IICT), Portugal
• International African Institute (IAI),
• SAREC,
• UICN,
• UNIJUI do Brasil,
• Universidade de Bayreuth